2014年3月21日,教育部正式致函广东省人民政府,同意批准设立香港中文大学(深圳),合作设立香港中文大学(深圳)办学者为香港中文大学和深圳大学,由广东省人民政府依法进行管理;同年,道远楼、诚道楼及体育馆等启动区设施翻新工程完工,并于3月重新入伙,而启动区图书馆(知新楼)亦率先于2014年启用4层中的首两层。
2015年2月10日,香港中文大学(深圳)与中科院高能签订战略合作协议;4月21日,香港中文大学(深圳)获批首个国家地方联合工程实验室。
2016年1月20日,香港中文大学(深圳)组建机器人与智能制造研究院;3月22日,香港中文大学(深圳)组建深圳大数据研究院;9月至11月,香港中文大学(深圳)逸夫书院、学勤书院和思廷书院相继成立;11月19日,香港中文大学(深圳)迎来首届硕士毕业生。