河套学院的前身是1985年创建的河套大学，由自治区人民政府批准成立并经教育部备案。著名经济学教授陈良壁先生为首任校长。学校的创建得到了党和国家领导人的亲切关怀，1986年时任国家副主席乌兰夫同志为学校题写校名。1996年全国人大常委会副委员长程思远同志莅临学校考察指导工作。学校初创时期举步维艰，财力匮乏、校舍简陋、师资不足。在创建过程中得到了各级政府、社会各界人士和巴彦淖尔人民的大力支持和资助。

进入新世纪学校经历了两次教育资源优化整合。2001年原巴彦淖尔盟教育学院、巴彦淖尔盟师范学校（前身为1943年傅作义将军创办的绥远省立陕坝师范学校）并入河套大学。2004年原内蒙古广播电视大学巴彦淖尔盟分校、巴彦淖尔盟财贸职工中等专业学校、巴彦淖尔盟卫生学校、巴彦淖尔盟农牧业中等专业学校、内蒙古临河水利学校并入河套大学。

2012年河套大学经教育部批准升格为普通本科院校，更名为河套学院，实行内蒙古自治区和巴彦淖尔市两级管理体制，以自治区管理为主。升本的同时，巴彦淖尔市委、政府提出举全市之力办好河套学院，在财力十分困难的情况下，投资10.28亿元在黄河之滨建设新校区（双河校区），2018年底建成并投入使用，办学条件发生根本性变化，学院进入新的发展阶段。2016年学院获得学士学位授予权，同年被自治区人民政府批准为整体转型试点院校。2019年8月21日自治区主席布小林同志亲临学院指导工作。

学校的成立、发展和壮大，始终沐浴着党的民族政策的光辉，伴随着改革开放的步伐。学校所走过的每一步都是历代河套学院人不畏艰辛、艰苦奋斗、顽强拼搏的结果，体现了党领导的力量、群众支持的力量和人民信任的力量。

学院以服务地方经济建设和社会发展为己任，深入推进校政企合作，主动融入地区经济社会发展战略，构建具有地方特色和满足当地需求的人才培养体系。优先重点发展民族教育，着力培养“蒙汉兼通”的高素质应用型人才。依托翻译研究中心，为巴彦淖尔市政府、企事业单位及“国际岩画学术研讨会”“中国-南非岩刻研讨会”等开展口译笔译工作，助推阴山岩刻世界文化遗产预备项目申报和河套灌区世界文化遗产申报成功，促进对外文化交流。依托科技研发项目，坚持协同创新，服务地方农业、畜牧业发展，多角度参与“天赋河套”区域公用品牌建设。依托“扶智扶志”的科技培训、技术指导，助力农牧区脱贫攻坚，建立智慧农业示范点，建成农业科技示范园区、乌拉特中旗德岭山万亩花生产业园、四义堂“智慧四控”高效农业示范园，构建“政府+学院+科技平台+合作社+农户”的科技精准扶贫模式，在乌拉特中旗石哈河镇推广两色地膜、薄厚分区滴灌带技术，推广优质肉用种羊胚胎移植扩繁及杂交应用技术，不断探索山旱区脱贫致富的发展路径。

学院虽地处西部经济欠发达边疆少数民族地区，优质共享资源少、高层次人才匮乏、办学经费紧张，但全院教职工始终秉承“艰苦奋斗、自强不息、奋发有为、报国荣校”的办学传统，践行“仰望星空、脚踏实地”的校训，团结一致，凝心聚力，积极推进改革创新，强化内涵式发展，努力建设特色鲜明的高质量应用型本科院校，不断开创学院各项事业发展的新局面。