学校创办于1938年，前身是国立云南大学农学院，建址昆明市呈贡县，1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭，1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。1983年成为硕士学位授权单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授权单位，2007年设立博士后科研流动站。2008年教育部本科教学评估为优秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托学校教育管理资源分别创办了云南农村干部学院、云南省食品安全管理学院、云南省高原特色农业产业研究院。2013年，经科技部、教育部审核批准建设云南农业大学新农村发展研究院。

云南农业大学办学八十多年来，一代代农大人秉承“开学养正、耕读至诚”的农大精神，情系稼穑、躬耕疆域、励精图治、矢志创业，办学规模不断扩大。全日制在校生26924人，成人高等学历教育学生9798人，各类留学生近200人。学校有校本部和五华校区、普洱校区、西双版纳校区，占地面积3803亩，校舍面积65.31万平方米，教学科研仪器设备总值36911万元。学校图书馆是CALLS全国农学文献信息中心、CALLS全国农学中心成员馆，2014年获批为教育部科技查新站，拥有纸质图书173.2922万册，纸质期刊6217种，电子期刊3.3326万种，电子图书227.8万种，可使用中外文数据库31个。学校信息化建设日趋完善，数字校园与智慧校园建设成效明显。学校现设22个学院，涵盖了种植业、养殖业、水利水电、农业工程、农业经济管理以及部分人文社会科学学科。

学校现有在职教职工1813人，其中高级职称800余人。有中国工程院院士1人，国家高层次人才人选4人，享受国务院津贴21人，有云南省突出贡献优秀人才16人，享受省政府津贴19人，国家级教学名师1人，省级教学名师20人，省级高层次人才特殊支持计划高等学校教学名师8人，省学术技术带头人及后备人才、省创新人才共计75人，全国优秀教师2人，云南省“科技领军人才”1人、“云岭学者”人才培养工程8人、“产业技术领军人才”11人、“云岭教学名师”5人、“首席技师”1人、“青年拔尖人才”24人、“青年人才”11人。拥有国家级科技创新团队1个，省级科技创新团队14个，省级哲学社会科学类创新团队2个，高校科技创新团队13个。全国教育系统先进集体2个，全国专业技术人才先进集体1个，教育部高等学校教学指导委员会委员9人，国家科学技术奖评审专家1人。

学校现有81个本科专业，其中国家级特色专业6个、国家级一流专业5个，省级特色专业7个、省级重点建设专业8个、省级品牌专业5个、省级一流专业13个，中外合作办学专业2个。有省部级重点学科25个，一级学科博士后科研流动站3个，一级学科博士学位授权点5个，二级学科博士学位授权点16个，一级学科硕士学位授权点12个，二级学科硕士学位授权点59个。有农业硕士、兽医硕士、翻译硕士、体育硕士、风景园林硕士、社会工作、生物与医药、资源环境和土木工程9个专业学位类别。有在职人员申请硕士学位授予权和外国留学生招生权。现有省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室、农业生物多样性应用技术国家工程研究中心、西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心、云南高原特色现代化农业省部共建协同创新中心、国家农科专业基础实验教学示范中心、新农村发展研究院和中国—东盟教育培训中心等国家级教学、科研和社会服务平台7个；拥有教育部重点实验室、农业农村部观测试验站、云南省重点实验室、工程（技术）研究中心、协同创新中心、智库、研究基地等42个部省级科研平台；院士（专家）工作站13个；省高校重点实验室、工程中心等25个，云南省生物多样性和生物技术创新人才培养基地、云南省环境科学与工程创新人才培养基地各1个；学校还建有昆明市重点实验室等科研平台6个、校级科研平台38个。